1959年，邱会作被任命为总后勤部部长，对总政治部频繁向总后供应干部的状态感到不满。他曾对萧华、甘泗淇、徐立清等总政治部的领导表达过不快。在干部任免方面，自1957年总干部并入总政部后，此项工作便由总干部部来负责。在这个背景下，总后勤部当时的状况尤为复杂。许多老干部，尤其是老红军虽然雄心勃勃，具备丰富的经验，但由于年龄大、精力不足、文化水平相对较低，一旦面临备战，必然会影响后勤工作的效率。
因为历史原因，新中国成立后，总后勤部将一批老干部集中在后勤岗位上。在战争时期，由于身体较弱或年岁偏大的干部被安排在后勤工作，看似人尽其用，实际上却显得不够合理。随着军队的正规化进程，尤其是在现代化战争日益尖锐的背景下，后勤部的角色逐渐显得尤为重要，无法再如战争时期那样由老干部主导。因此，必须给予年轻有为的将领更重要的职责。
总政部门在不断为总后勤派遣干部的过程中，邱会作逐渐失去了耐心。特别是由于与彭嘉庆的冲突，他曾当面与萧华交锋。然而，在罗瑞卿总长的调解下，彭嘉庆被安排至总后勤部的事情才得以平息。之后，在一次干部任免中，邱会作与甘泗淇副主任再次发生了争执。
展开剩余64%事实上，事情的核心并不复杂。总后勤部计划提拔一名干部到后勤科学研究所担任所长，负责研究工作。甘泗淇对此表示疑惑，认为为何要将一名专注于业务的干部调入科研岗。陈念棣早在抗战初期便投身军旅，曾在新四军担任政工干部，负责组织和宣传工作。在解放战争期间，他被调任后勤工作，先后担任9兵团后勤部政治部副主任和志愿军后勤部宣传部部长。尽管身处后勤部门，他仍旧负责政治思想宣传的工作。后来，他晋升为总后勤部科学技术部副部长，继而被提拔为后勤科学研究所所长及政委。
甘泗淇称赞他是个好干部，这引起了邱会作的不满，邱会作进而反驳道：“甘主任，难道搞后勤的都是坏干部？”显而易见，尽管甘泗淇并无此意，他仅仅认为将陈念棣调往研究所不太合适而已。最终，甘泗淇还是向邱会作道歉，表示自己的言辞不当，希望他不要误解其意思。
邱会作之所以在与资历深厚的总政领导交锋时如此坚决，原因主要有几个方面。尽管他资历不算丰厚，但作为军委办公会议的成员之一，参与了军委的日常运作，当时陪伴的成员也仅有罗瑞卿、萧华、杨成武、萧向荣、张爱萍及他本人。他具备一定的话语权，而甘泗淇虽然是上将，担任总政副主任，却未必算是核心成员。此外，由于个人原因，对于总政持续向总后进口老干部的做法他早已产生反感。这种情况拖延了他的工作安排，令他感到不满。
当时的总长罗瑞卿也清楚总政与总后勤之间的问题。他曾反映道：“邱部长对总政的不满，有其合理之处。过多安排不能胜任的老干部在岗位上，不仅不利于工作，还妨碍了军队的整体发展。”在总政部收到他的指示后，迅速提出了关于高级干部离职和待遇的方案，打算让部分干部退居二线休息。然而，这一措施并未能够稳妥实施，效果也不理想。直到1982年，随着领导干部终身制的打破和相应的离休待遇出台，老干部问题才得以根本解决。
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